经历了1998年的特大水灾后，国家实施了积极的财政政策，大幅增加了对黄河防洪工程基本建设的投资，其投资接近建国1997年50多年来黄河基本建设投资的总和。黄河防洪工程的建设管理和工程质量备受瞩目。为了确保黄河防洪专项资金的投资效益，黄河打破了过去长期规划经济体制下形成的集修、防、建、管于一体的自营式建设管理体制，初步实现了适应市场经济要求的新体制的根本转变，基本上达到了防洪工程建设三个体制改革对管理体制的要求。
为贯彻落实三项制度改革，黄委会制定了一系列配套的规章制度和管理办法。这些规章制度、方法的实施，对黄河下游防洪工程建设起到了积极推进作用，建设单位、监理单位、施工单位的责任、义务、权益更加明确，保证了工程项目建设规范有序进行，提高了建设管理水平，节约了工程建设投资。在工程建设过程中，各级管理部门始终以工程质量为工程建设管理重点，逐步建立工程质量目标责任制、质量一票否决制和质量终身制，明确了质量目标、责任、权利和奖惩措施。通过黄委会督室对黄河防洪工程建设进行现场监督和工程质量飞行检查，省局质量监督站质量监督员对工程施工质量进行跟踪监督检查，加强工程各参加者质量意识，促进工程施工质量保证体系建设和运行，推进防洪工程建设质量管理，确保工程质量。
但由于外部环境条件的影响和自身因素的制约，目前黄河下游防洪工程在建设管理中仍存在弱点，需要进一步加强。
2.工程建设管理存在的问题
2.1旧管理体制的影响
从过去黄河工程建设到现在工程建设的三制管理，实现了建设部门和施工部门的分离，但在个别项目中，建设部门和承包商在合同关系的背后，同时也是上下关系。这种关系在工程建设中的惯性自然导致建设单位对承包商行使直接领导权，越过监理方直接向承包商发出指示和命令，建设单位对监理工程师的许可不足。这在很大程度上削弱了监理单位在工程建设中的作用，使项目建设各方关系复杂，另一方面，在长期规划体制下形成的上级主管部门与建设部门的领导关系也不可避免地影响项目法人责任制的执行。主管机关组织招标选择监理队伍和施工队伍，为建设机关转嫁管理责任创造条件。同时，上级主管部门命令的工期命令也给建设部门施工项目的建设管理带来了困难。
2.2工程建设前期工作准备时间短，难度大
黄河防洪工程项目安排受国家投资计划制约非常大，同时工程项目实施受黄河防洪影响。这种客观现实造成项目计划未安排前，工程项目的迁占赔偿等前期工作不敢开展，而工程项目计划一旦安排，施工必须马上进行，这就导致工程建设前期工作准备时间非常短，缺乏合理的迁占赔偿及为工程建设创造良好的外部环境所必须的工作时间，使工程项目实施前的准备工作非常不充分。另外，由于目前黄河下游防洪工程实施的赔偿标准低，特别是对新土地管理法规定的建设补偿费的缴纳，没有预算投资，没有明确的减免政策，土地征用后，当地政府不减免农民的上缴粮食、保留等费用，农业税等一些项目甚至因占用赔偿问题延长工期，影响工程投资利益的发挥。
2.3个人对三个制度改革认识不足
个人思想观念滞后，对三个制度改革认识不足，工作中有抵触感，无法正确处理建设管理体制改革与本部门的经济利益关系，无法真正把工程建设质量放在第一位。这不可避免地导致建设管理工作考虑不周、措施不具体、检查不及时、各规章制度和方法执行不足，三个制度的执行不完全到位。
2.4基础工程建设管理者业务理论水平应提高
近年来，国家有关部委和黄委为加强工程建设管理规范化，相继提出了许多新方法和规定。另一方面，基层管理者的建设管理任务重，忙于日常工作，对一些规定和方法缺乏系统的学习和理解，多数是边学习边理解边应用，真正全面理解和熟悉基本建设工作的人很少，业务理论水平需要提高。
2.5工程技术人员严重不足
目前，黄河防洪工程建设中工程技术人员数量不足，工作人员工作负担重，工作过载现象普遍存在。
2.6部分监理人员自身素质和工程技术水平不高
中国建设监理体制建设时间不长，发展中的水利工程监理队伍对工程建设需求严重不足。监理工程师应具备工程技术、经济、法律、管理知识，该团队培养成长需要一个过程。此外，个别监理人员对监理工作认识不足，目前防洪工程建设中具备监理工程师资格的人员相对不足，部分监理人员自身素质和工程技术水平低的客观现实。